Penelitian Whole Genome Sequencing SARS-CoV-2
Apa itu Whole Genome Sequencing?
Whole Genome Sequencing (WGS) merupakan metode yang digunakan untuk menentukan urutan asam nukleat pada genom.
Pentingnya WGS
Dengan banyaknya urutan genom virus SARS-CoV-2 akan diperoleh gambaran karakteristik virus ini. Data karakteristik virus SARS-CoV-2 bermanfaat untuk pengembangan obat dan vaksin COVID-19 di Indonesia.
Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID)
GISAID merupakan institusi yang dibuat oleh pemerintah Jerman dan Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) Internasional yang menyediakan akses berbagi data urutan genetik virus influenza.
Kontribusi WGS Lembaga Eijkman
Submitted SARS-CoV-2 Whole Genome Sequences
Empat puluh sekuens virus SARS-CoV-2 dari Lembaga Eijkman sudah diserahkan kepada GISAID.
Tiga sekuens pada tanggal 4 Mei 2020.
Empat sekuens pada tanggal 8 Mei 2020
Tiga sekuens pada tanggal 13 Juni 2020
Sembilan sekuens pada tanggal 2 Oktober 2020
21 sekuens pada tanggal 6 Oktober 2020
Sebanyak 31 sekuens virus SARS-CoV-2 yang dikirim LBM Eijkman dapat dikategorikan dalam 3 kelompok (clade) yaitu Clade L (70%), Clade G (2%), Clade GH (5%). Sementara itu, 9 sekuens virus (23%) dikategorikan sebagai others (O).
40 sekuens whole genome virus SARS-CoV-2 yang sudah tersedia di database GISAID berasal dari 7 provinsi di Indonesia. Mayoritas virus SARS-CoV-2 genome virus yang sudah disekuens oleh LBM Eijkman berasal dari DKI Jakarta (24 sekuens)
LBM Eijkman mengucapkan terima kasih atas bantuan dan dukungan dari Kementerian Riset dan Teknologi/Badan Riset dan Inovasi Nasional, Badan Intelijen Negara Republik Indonesia, l’Oreal Foundation, dan The Centers for Disease Control and Prevention
